En plus du répertoire Input, il y a également le répertoire Config, peut être que celui ci contient aussi des réglages.
J'ai aussi remarqué que les fichiers correspondant aux stick/palo portent un numéro, peu être que tu dois modifier ces numéro pour les adapter aux IDs de ceux branchés sur ton nouveau PC.
Ex :
SaitekX52FlightStickUSB171511668800.ini
Essaie en modifiant les axes dans ta nouvelle install, et ensuite renomme les fichiers de sauvegarde en utilisant les noms des fichiers générés (s'il y en a).
N'ayant jamais fait la manip de réinstaller LO, je ne peux pas te donner la "vraie" solution.